Últimas obras y muerte

T. S. Eliot le describió durante esta fase de su vida como "un hombre de mundo entre ascetas, y un asceta entre hombres de mundo." El ascetismo de su modo de vida derivaba de una creencia de que era natural y necesario en el hombre el sufrimiento. En 1659, Pascal, cuya salud nunca había sido buena, cayó gravemente enfermo. Durante sus últimos años intentó con frecuencia rechazar las indicaciones de sus doctores diciendo que "la enfermedad es el estado natural del cristiano.
Luis XIV suprimió el movimiento jansenista de Port-Royal en 1661. En respuesta, Pascal escribió una de sus últimas obras, Écrit sur la signature du formulaire ("Escrito sobre la firma del formulario"), exhortando a los jansenistas a no rendirse. Más tarde ese mismo año murió su hermana Jacqueline, lo que hizo que Pascal cesase en sus polémicas sobre el jansenismo.
En 1662, la enfermedad de Pascal se agravó. Siendo consciente de que su salud se marchitaba rápidamente, solicitó ser trasladado al hospital para enfermedades incurables, pero sus doctores declararon que estaba demasiado inestable como para ser transportado hasta ahí. En París, el 18 de agosto de 1662 Pascal comenzó a sufrir convulsiones, y recibió la extrema unción. Murió a la mañana siguiente, a la edad de 39 años, pronunciando como últimas palabras "Que Dios nunca me abandone". Pascal está enterrado en el Cementerio de Sain-Étienne-du-Mont.
Una autopsia realizada tras su muerte reveló graves problemas en su estómago y en otros órganos de su abdomen, así como daños en el cerebro. A pesar de la autopsia, nunca se llegó a determinar con exactitud cuál fue la causa de su continua mala salud, a pesar de que las especulaciones se centran en la tuberculosis, el cáncer de estómago, o en una combinación de ambas. Las jaquecas que sufría se atribuyen generalmente a su lesión cerebral.

Pensamiento
El pensamiento de Pascal puede ubicarse dentro de la concepción esencialista dualista, dentro del racionalismo antropológico, porque considera, al igual que dicha teoría, que el hombre se compone de cuerpo y alma. Señala, también, que el hombre conoce el universo a través del pensamiento, al igual que lo hace con otras facultades (como el "corazón").
Pascal afirma que el hombre es un ser de "contradicciones", que es un ser grandioso y miserable a la vez. La grandeza del hombre proviene de conocer su miseria. La esencia del hombre, para Pascal, es su pensamiento y es lo que lo hace grande y único. El hombre es un ser mortal sometido a las enfermedades, al dolor, sin embargo, en tanto él conoce su condición es grandioso, y esto es posible gracias al pensamiento.
El universo comprende al hombre a través del espacio, porque este último forma parte del primero. A su vez, el hombre comprende al universo, porque el hombre sabe qué es el universo y sabe que es parte de él, lo que representa un sentido teórico. No es la sola posesión del pensamiento lo que hace grande al hombre, ya que el pensamiento puede ser utilizado de diversas maneras y puede ser desaprovechado. Junto al pensamiento, se requiere practicar la caridad.
Según Pascal el hombre evita pensar en sí mismo porque para el alma es una pena insoportable pensar en el fin de la vida. De ahí el origen de la diversión y de los pasatiempos (los juegos, la casa, la conversación en los salones, la guerra), que sirven a pasar el tiempo sin sentirlo, sin sentirse uno mismo y evitar pensar.
El alma no ve nada en sí misma que la contente, no ve nada que no la aflija, lo que la obliga a esparcirse en lo exterior, buscando perder el recuerdo de su estado verdadero. Su gozo consiste en el olvido y basta para hacerle desdichada obligarle a estar a solas consigo misma.
Pascal dice que el cuerpo y el alma son dos universos unidos y que uno es terrenal, efímero y limitado, mientras que el otro es espiritual, por el cual nos acercamos más a la eternidad de "Dios"; estando esperanzados en su Gracia. Señala que la verdadera sabiduría del hombre es darse cuenta de que es un ser contradictorio, conocer su grandeza y su miseria.